在食品污水处理中，含有大量的有机物，耗氧是有机废水的特点，所以对有机废水的处理，多采用生物化学法。食品工业污水排入水体的有机物，在好氧菌及充足的氧气供给情况下，进行好氧分解变为无机物质，这一分解过程称为生物氧化过程。采用人工措施，培养水中微生物，输进足够的氧，以促进有机物的生化分解进程，这就是好氧生物处理法的实质。有机废水的生物好氧处理具有如下优点：生化反应速度快、好氧消化设备简单，基建投资较少、运行稳定操作简单。好氧处理一般适用于处理中、低浓度的有机废水。
有机废水的好氧生物处理方法主要有活性污泥法、生物膜法、曝气塘法和膜生物反应器法。
食品行业污水处理：
1、活性污泥法：普通活性污泥法的一般过程是废水先经过初沉池，预先将一些悬浮颗粒去除掉，以减轻活性污泥的工作负担，BOD降到一定程度后，处理好的废水和部分活性污泥一起流入另一容器，即二沉池。去除活性污泥后的清水即可排放。由于曝气池中的污泥不断被带走，因此还需要将一部分污泥返回曝气池中，以维持曝气池中活性污泥的浓度。
2、生物化学处理法：是有机废水处理系统中重要的过程之一。在食品工业的废水处理中，生物处理工艺可分为好氧工艺、厌氧工艺、稳定塘、土地处理以及由上述工艺的结合而形成的各种各样的组合工艺。食品废水是有机废水，生物法是主要的二处理工艺，目的在于降解COD、BOD5。
3、膜生物反应器法：膜生物反应器是将污水生化处理与物化处理于一池内完成，大大提高了泥水分离效率，并且由于曝气池中活性污泥的增大和污泥水中菌的出现，提高了生化反应速率。该工艺能大大减少剩余污泥的产量，处理后的出水为清澈透明的净水，出水水质大大优于其它污水处理工艺。
用于食品工业废水处理的物理处理法有筛滤、撇除、调节、沉淀、气浮这五种工艺多用于预处理或一处理，离心分离、过滤、微滤主要用于深度处理。
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