在工业污水处理行业中制药废水往往是比较难处理的一种废水，在处理高浓度有机制药废水时通常建议选择厌氧生物处理方法。但是值得注意的是在单利用厌氧生物处理制药废水时，在后续对好氧生物处理还需要单再进行处理，只有这样才能确保将废水处理达到良好的效果。
厌氧生物处理方法主要以上流式厌氧污泥床法、水解升流式污泥床法和厌氧折流板反应器法等为主。这其中采用上流式厌氧污泥床法进行处理时，不仅结构十分简单，而且停留时问较短，不需要再设置污泥回流装置，但厌氧生物处理方法对技术具有较高的要求，驯化时间较长，如果达不到具体的要求，则会对水质的稳定性带来较大的影响。水解升流式污泥床法能够将无法降低的大分子有机污染物降解为小分子有机污泥物，具有较高的可生化性能，反应速度较快，而且反应过程中污泥产生量较小，不需要密闭、搅拌和分离器等环节，具有较好的经济性。相较于其他方法而言，厌氧折流板反应器在处理制药废水时具有非常好的效果，结构简单，能够有效的实现对污泥的截留，在处理高浓度废水、有毒废水及难降解废水过程中都能够取得良好的效果。
好氧生物处理技术大致可分为普通活性污泥法、序批式间歇活性污泥法和深井曝气法等三种方式。普通活性污泥法在目前制药厂污水处理中应用的较为普遍，而且此种方法也较为成熟，但在应用此种方法时，由于需要对废水进行大量的稀释，这就导致废水中有大量的泡沫产生，污泥膨胀率也高，直接影响了去除效果。
而对于间歇性排放、水量水质波动较大的制药废水进行处理时，通常都会选择序批式间歇活性污泥法，此种方法不仅结构简单，具有非常好的经济性，而且可以对水质进行均化，不存在污泥回流的情况，但此种方法由于污泥产生沉降，这样就需要利用较长的时间来对泥水进行分离处理。深井曝气法是高速活性污泥系统，和普通活性污泥法相比，深井曝气法具有以下优点，包括氧利用率高，深井中溶解氧效果好，充氧能力相当于普通曝气的10倍；污泥负荷速率高；占地面积小、投资少、运转费用低、效率高、COD的平均去除率可达到70%以上；不存在污泥膨胀问题；保温效果好，可保证北方地区冬天处理废水获得较好的效果。
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