烟草生产的废水包括生产废水和生活污水两部分。烟草加工排放废水量大，烟草废水的可生化性极差，卷烟废水中BOD/COD的值平均为0.026。膨胀烟丝和洗梗水量小，生物碱和酚类浓度高。黏合白胶废水，COD含量高。大量的烟末的纤维素、木质素，导致SS高。香精、机油等物质这些都是导致废水中难降解有机物含量增高，增加了处理难度。
针对难处理的问题，可以采用纯物理化学方法物化法较适宜用在预处理和深度处理中，经济性工艺采用生物法较为适合。随着污水排放标准的提高，生物法渐渐不足因此，又引入强氧化技术，提升生化的可能性，深度处理部分污染物，兼顾经济，使企业发展与环境友好协调并存。
1、生化工艺
烟草厂家工艺和原料不同导致烟草废水中烟碱的含量不同，但烟草含量的波动趋势基本与COD的是具有协同性的，烟碱作为含氮双杂环化合物，生化方法难处理，这是由微生物的耐受性质决定的，氧从烟碱分子中很难获得电子，这是由烟碱的野缺仔电子结构冶造成的环结构电荷密度下降、五元杂环与苯杂环稠合的立体结构造成的空间体积位阻效应、结构的疏水性决定的。由此可知，要处理含有烟碱的难降解有机废水，工艺应当采用厌氧工艺。但考虑到处理效率，一般高浓度难降解废水可以通过生化法的厌氧段与好氧段耦合，提高废水可生化性，降低污染物浓度。
陈元彩利用UBF和UASB高浓度颗粒污泥组成的污泥床以及由填料及其附着的生物膜组成的滤料层耦合两段SBR好氧工艺串联运行，出水CODCr去除率能达到90%以上。李友明采用混凝要厌氧要好氧要深度处理废水，厌氧采用UASB，出水COD、BOD5、SS和色度各项出水指标均优于烟草薄片厂目前已有的处理系统。王敏在江西某卷烟厂改造工程采用野水解酸化+接触氧化+混凝沉淀冶对污水进行处理，出水水质达到城市污水再生利用景观环境用水水质(GB/T18921-2002)的水景观类标准。李冶婷采用野水解酸化要两级BAF要臭氧要活性炭过滤冶工艺，使污水能够回用。
2、强氧化工艺
由于烟草行业废水中烟碱、香料香精、机油等物质作为难降解有机物使得烟草废水的处理难度增大，侯轶在对造纸法烟草薄片废水中的烟碱厌氧降解实验中发现烟碱COD的降解有协同效应，但降解速率明显小于COD，且降解率不高，而高级氧化(AOP)中以羟基自由基(窑OH)作氧化剂，对水中难降解有机物的有快速分解，无选择性的特点，越来越广泛得被应用在实践中。
何玉洁研究芬顿氧化PAM助凝法预处理的效果，实验COD的去除率可达79.6%，出水*澄清。陈赛艳等利用烟叶废水经物化和二级生物处理后的出水研究臭氧氧化法预处理，研究表明臭氧能对COD保持60%左右的去除率，对羰基和芳香族化合物的去除效果*。陈赛艳采用Ti(Ⅳ)催化臭氧氧化法再次处理烟草薄片废水二级生物处理出水，研究表明催化剂的加入使烟碱等含氮化合物和木素降解产物降解率更高。马迅采用Fenton氧化法深度处理经过生化处理后的造纸法再造烟叶废水，在适宜的投加比例加PAM絮凝的条件下，COD去除率*大可达72.3%。
3、生化要强氧化工艺
在强氧化处理工艺和厌氧要要好氧生化处理工艺对烟草废水处理研究工艺的基础上，逐渐衍生为生化要强氧化耦合工艺，强氧化工艺可作为预处理手段提高废水生化性，也可以作为深度处理手段处理二级出水达到提标改造的排放要求。
陈婕采用UASB-SBR-Fenton法处理中烟废水，出水可以达到GB8978-1996《污水综合排放标准》的二级排放标准。莫立焕用絮凝-沉淀-气浮-脉冲UASB-好氧-气浮-臭氧BAF处理烟草薄片废水使各项出水指标达到广东省地方标准DB44/26-2001一级标准。陈海波对再造烟叶废水采用格栅+筛网+气浮+脉冲UASB+AO+气浮工艺处理后，COD出水<70mg/L，深度处理采用臭氧-曝气生物滤池技术，COD浓度由120-150mg/L降至45-65mg/L。由上可知，目前国内对烟草废水的常见耦合处理工艺为：预处理+厌氧+好氧+气浮+深度处理，这种工艺无论从提标改造还是深化烟草行业废水处理进程，都是具有推广意义的。
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